Katastrofa Sojuza 1 oraz śmierć Komarowa były mocnym ciosem dla radzieckiego załogowego programu kosmicznego. Podczas ustalania przyczyn wypadku stwierdzono wiele usterek i błędów konstrukcyjnych. Jednym z nich była wada głównego spadochronu, którą ujawniono również w statku Sojuz 2. Gdyby doszło do jego startu, także ten lot mógł mieć tragiczny koniec.
Po przeprowadzeniu niezbędnych zmian w projekcie pojazdu w październiku 1967 roku doszło do kolejnego startu dwóch bezzałogowych pojazdów, które oznaczono jako Kosmos 186 i Kosmos 188. Oba spotkały się na orbicie okołoziemskiej i po raz pierwszy doszło wówczas do w pełni automatycznego połączenia dwóch statków kosmicznych. Ten sukces spowodował, że w październiku 1968 roku zdecydowano się na kolejny lot załogowy. Tym razem był to Sojuz 3 z Gieorgijem Bieriegowojem na pokładzie. Nie doszło jednak do połączenia z Sojuzem 2 (wystrzelonym wcześniej).