Na mistrzostwach świata juniorów w Sollefteå w konkursie drużynowym Norwegowie z Moanem w składzie zdobyli srebrny medal, a indywidualnie Magnus był między innymi piąty w Gundersenie.
Pierwsze punkty Pucharu Świata zdobył w pierwszym konkursie sezonu 2003/2004 po tym, jak 29 listopada 2003 roku w Ruce zajął 19. miejsce w Gundersenie. Niedługo później Moan po raz pierwszy stanął na podium zawodów PŚ, wygrywając sprint 2 stycznia 2004 roku w Reit im Winkl. Ponadto jeszcze sześciokrotnie znajdował się w pierwszej dziesiątce, ale na podium już nie stanął. W klasyfikacji generalnej zajął wysokie, ósme miejsce, a w klasyfikacji sprinterskiej był piąty. Podobnie spisywał się w kolejnym sezonie, który ukończył na piątej pozycji. Tym razem trzykrotnie stawał na podium: 29 stycznia 2005 roku w Sapporo był trzeci w starcie masowym, 12 marca w Oslo wygrał Gundersena, a dzień później był drugi w sprincie. Podczas mistrzostw świata w Oberstdorfie w lutym 2005 roku indywidualnie wywalczył srebrny medal, ulegając tylko reprezentantowi gospodarzy Ronny’emu Ackermannowi, a w Gundersenie był czwarty, przegrywając walkę o brązowy medal z Austriakiem Felixem Gottwaldem o zaledwie 0.8 sekundy.