Poszczególne obiekty łączyły ze sobą podziemne drogi – korytarze. Służyły one służbie i niewolnikom pracującym w Willi do przemieszczania się, pozostając jednocześnie niewidocznymi dla przebywających gości. Część przeznaczoną dla cesarza można podzielić na zabudowania dostępne ogółowi oraz obiekty prywatne. Do dekoracji, zwłaszcza wykonania mozaik, w części przeznaczonej dla cesarza i jego rodziny używano czerwonego porfiru (czerwień była kolorem cesarza), w części przeznaczonej dla wyższych urzędników dominowały czerń i biel. Materiały używane do dekoracji stanowią wyróżnik przeznaczenia poszczególnych budynków. Znaczna część używanych obecnie nazw poszczególnych obiektów została nadana im przez prowadzących prace wykopaliskowe. Niekoniecznie odzwierciedlają one faktyczne przeznaczenie zabudowań. Pod względem urbanistycznym kompleks dzielony jest na część wschodnią, centralną oraz górną, położoną na zachód od pozostałych zabudowań.
Opis obiektów Część wschodnia Główne zabudowania pałacowe, usytuowane w części wschodniej, rozlokowane były wzdłuż osi NW–SE, rozmieszczono je wokół trzech dziedzińców: Dziedzińca Bibliotek, Dziedzińca Wielkiego i Złotego Placu.