W 1634 Jan Chrystian przybył na Śląsk, aby objąć przewodnictwo związku protestanckich księstw i miast. Wówczas, zapewne z jego inicjatywy, powstał nigdy niezrealizowany zamysł oddania się stanów śląskich pod zwierzchnictwo i opiekę króla Polski Władysława IV, który niejednokrotnie zwracał się do cesarza w obronie mieszkańców Śląska.
Jan Chrystian już nigdy nie powrócił do księstwa brzeskiego, aby nim rządzić. W 1635 cesarz Ferdynand II powierzył je najstarszemu synowi brzeskiego Piasta, Jerzemu III, który pełnił funkcję administratora dzielnicy. W styczniu 1635 Jan Chrystian wrócił do Torunia. 4 października 1636 po uzyskaniu zgody elektora Brandenburgii Jerzego Wilhelma na bezpośrednią administrację dobrami ostródzkimi przybył wraz z rodziną do Ostródy, gdzie pozostał aż do śmierci.