W następnym roku na Śląsk przybyły wojska cesarskie pod dowództwem Jana Ulryka Schaffgotscha, męża siostry Jana Chrystiana, Barbary Agnieszki. Dowodzone przez niego oddziały rozbiły pod Oławą jazdę saską i zajęły Strzelin, jednakże wkrótce musiały się wycofać. Mimo to wojska cesarskie zaczęły uzyskiwać przewagę i już na jesieni 1633 Śląsk był wolny od wojsk antyhabsburskich. Tymczasem Jan Chrystian został oskarżony o wpuszczenie do Brzegu saskiego garnizonu i musiał wraz z rodziną i dworem uchodzić ze stolicy swojego księstwa. Najpierw udał się do Wołowa, stamtąd przeniósł się do Wąsosza, skąd, czując zagrożenie ze strony oddziałów Schaffgotscha, wraz z bratem, Jerzym Rudolfem, 12 października 1633 przedostał się do Polski, zatrzymując się w Lesznie.
W Polsce 20 października 1633 przybył do Torunia, gdzie wynajął dom, uzyskując uprzednio zgodę króla Polski Władysława IV Wazy na osiedlenie się w Polsce. W tym czasie elektor Brandenburgii Jerzy Wilhelm w ramach niewypłaconego dotąd posagu po zmarłej w 1625 żonie brzeskiego Piasta, Dorocie Sybilli, przekazał mu w zastaw dobra ostródzkie w Prusach Książęcych, na co również otrzymał pozwolenie polskiego władcy, suwerena tych ziem.