Małżonkowie Słoneccy już w pierwszych dniach sierpnia 1944 roku zostali aresztowani przez Niemców i czas powstania warszawskiego spędzili w obozach: Irena w Bergen-Belsen, potem w Ravensbrück, a Marian w PruszkowieA. Dereszowska, B. Mykietów, M. Śliwka, B. Woźniak, Od Chusty Świętej Weroniki do ołtarza Wita Stwosza. Śladami profesora Mariana Słoneckiego (1886-1969). Lwów – Wilno – Grodno – Warszawa – Kraków. Podlipce – Złoczów – Pyrzany, Zielona Góra – Pyrzany 2025, s. 94, ISBN 978-83-60218-66-2.. Po upadku powstania, od października 1944 do 15 stycznia 1945, brał czynny udział w akcji ratowania dzieł sztuki.
W lutym 1945 rozpoczął pracę w charakterze konserwatora Ministerstwa Kultury i Sztuki. Latem 1945 zastał delegowany do Krakowa w celu zorganizowania państwowej pracowni konserwatorskiej na Wawelu i przyjmowania rewindykowanych zbiorów Muzeum Narodowego w Warszawie. To jemu pierwszemu udało się sprowadzić i odnowić zrabowany przez Niemców w czasie II wojny światowej Ołtarz Wita Stwosza w bazylice Mariackiej (pracę tę ukończył w 1949).