Wyposażenie szkoły, poza częścią książek i najważniejszymi dokumentami, które udało się ukryć w pierwszych dniach wojnyDokumenty ukryto za ołtarzem w kościele jezuitów, książki przechowali uczniowie w domach., zupełnie zniszczono.
Już w listopadzie 1939 roku Irena Kmiecik, łacinniczka z II Gimnazjum, i Mieczysław Meyer, nauczyciel chemii z Chrobrego, rozpoczęli organizację kompletów tajnego nauczania. Na kompletach realizowano pełny program nauczania szkoły średniej, ograniczono jedynie liczbę godzin języka polskiego i matematyki. Według sprawozdania Mieczysława Meyera w okresie od listopada 1939 roku do 1945 roku wydano 286 matur, 360 małych matur, a liczba promowanych uczniów wynosiła 1337.
W czasie wojny zginęło wielu uczniów, nauczycieli i wychowanków Chrobrego – ich nazwiska upamiętnia tablica w korytarzu szkolnym.
Gimnazjum i liceum im. Bolesława Chrobrego w okresie powojennym Wojska radzieckie wkroczyły do Piotrkowa 18 stycznia 1945 roku. Niemal natychmiast Mieczysław Meyer wraz z innymi nauczycielami zaczął przygotowywać otwarcie na nowo szkoły.