11 marca 1787 Nelson ożenił się z Frances „Fanny” Nisbet, wdową mieszkającą w Nevis, na Karaibach. Ich ślub miał miejsce na sam koniec służby Nelsona na tych wyspach. Fanny Nisbet miała syna z pierwszego małżeństwa, Josiaha, który służył później w marynarce pod komendą ojczyma, i prawdopodobnie uratował mu życie na Teneryfie, opatrując strzaskane ramię i wyprowadzając go z pola walki. Nelson i Fanny nie mieli razem dzieci. Ich małżeństwo faktycznie rozpadło się na przełomie lat 1800/1801, gdy do Anglii przybyło małżeństwo Hamiltonów.

Podczas okupacji francuskiego portu w Tulonie przez wojska brytyjsko-hiszpańskie (okupacja ta została przełamana przez oddziały francuskie pod dowództwem kapitana Napoleona Bonapartego) został wysłany po posiłki do Królestwa Neapolu, gdzie poznał swoją wielką miłość – Emmę, Lady Hamilton (1765-1815), żonę ambasadora brytyjskiego w Neapolu Sir Williama Hamiltona. Emma i jej mąż nie mieli potomstwa. Nelson miał nieślubną córkę z Emmą Hamilton: Horatia Nelson (ur. 28 stycznia 1801 w Londynie, zm. 6 marca 1881 w Beaufort), która wyszła za mąż za Philipa Warda;