Przed Liguillą czołowe 6 klubów otrzymało dodatkowe bonusy w zależności od zajętego miejsca – klub na pierwszym miejscu otrzymał 3 punkty, na drugim – 2,5 punktu, na trzecim – 2 punkty, czwarty – 1,5 punktu, piąty – 1 punkt i szósty – 0,5 punktu.
Liguilla Clausura Data Mecz8 października 1999 Cerro Corá Asunción – Club Guaraní 2:08 października 1999 Cerro Porteño – Sportivo San Lorenzo 3:09 października 1999 12 de Octubre Itaugua – Atlético Colegiales 1:09 października 1999 Sportivo Luqueño – Club Olimpia 3:123 października 1999 Sportivo Luqueño – 12 de Octubre Itaugua 1:123 października 1999 Club Olimpia – Atlético Colegiales 3:024 października 1999 Cerro Porteño – Cerro Corá Asunción 2:224 października 1999 Sportivo San Lorenzo – Club Guaraní 3:231 października 1999 Cerro Porteño – Club Guaraní 1:031 października 1999 Cerro Corá Asunción – Sportivo San Lorenzo 2:131 października 1999 Club Olimpia – 12 de Octubre Itaugua 1:031 października 1999 Sportivo Luqueño – Atlético Colegiales 1:2
W poniższych tabelach uwzględniono otrzymane wcześniej bonusy za pozycję w tabeli pierwszej fazy turnieju Clausura.
Grupa A Poz Klub Mecze Zw Rem Por Pkt BrZd BrStr1 Cerro Porteño2 1 1 0 7 5 22 Sportivo San Lorenzo2 1 0 1 4,5 3 53 Cerro Corá Asunción2 1 1 0 4 4 23 Club Guaraní2 0 0 2 0,5 2 5