Sezon 1988/1989 rozpoczął od zwycięstwa w supergigancie 27 listopada 1988 roku w Schladming. W kolejnych startach dziesięciokrotnie stawał na podium, w tym odniósł jeszcze dwa zwycięstwa: 29 listopada w Val Thorens wygrał giganta, a 22 grudnia 1988 roku w Sankt Anton był najlepszy w kombinacji. Jednakże w drugiej części sezonu częściej zwyciężał Marc Girardelli i to reprezentant Luksemburga zwyciężył w klasyfikacji generalnej. Szwajcar zajął drugie miejsce, tracąc do zwycięzcy 98 punktów. Zurbriggen wygrał jednak klasyfikacji giganta i supergiganta, a w klasyfikacji kombinacji był trzeci za Girardellim i Markusem Wasmeierem. Na początku 1989 roku wystartował na mistrzostwach świata w Vail, zdobywając dwa medale. W supergigancie zajął drugie miejsce, rozdzielając na podium Martina Hangla i Tomaža Čižmana z Jugosławii. Dzień później zajął trzecie miejsce w gigancie, ulegając tylko dwóm reprezentantom Austrii: Rudolfowi Nierlichowi i Helmutowi Mayerowi. Startował także w zjeździe, ale rywalizację ukończył dopiero na piętnastej pozycji. Czwartą i ostatnią Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji generalnej zdobył w sezonie 1989/1990.