Cała procedura przejęcia cmentarza przez Administrację trwała do 1850.
Po tym roku dokonano skromnej estetyzacji cmentarza, posadzono nieliczne drzewa, ogrodzono niektóre kwatery, a całość ogrodzono prowizorycznym, drewnianym parkanem. W latach 1856–1857 powołano specjalną komisję, która postulowała budowę nowego domu przedpogrzebowego, wyznaczenie alejek oraz posadzenie drzew.
W 1828 został wzniesiony pierwszy dom przedpogrzebowy, ale już po trzech latach w 1831 został doszczętnie spalony przez wojska rosyjskie. Rok później wzniesiono nowy, murowany dom przedpogrzebowy, który rozbudowano w 1854. W 1840 i 1848 po raz kolejny dokonano rozszerzenia nekropolii. W 1873 za zgodą władz miejskich wybudowano mały most nad okopami, co ułatwiło konduktom pogrzebowym dotarcie na cmentarz prosto z ulicy Gęsiej. W 1860, 1863 i 1869 dokonano ostatnich rozszerzeń cmentarza. W 1885 postanowiono przenieść bezpłatne pogrzeby na cmentarz na Bródnie, co miało zaoszczędzić powierzchnię cmentarza oraz finanse, które przeznaczano na tego typu pochówki.
Po zniwelowaniu w 1875 wału Lubomirskiego i przeprowadzeniu w jego miejscu ulicy Okopowej w 1887 nekropolia została włączona w granice administracyjne Warszawy.