Pierwszą oficjalnie pochowaną osobą był Nachum, syn Nachuma z Siemiatycz (zm. 6 grudnia 1806). Jego nagrobek, wykonany prawdopodobnie w 1807 nie zachował się do dziś. Pierwszą kobietą pochowaną była Elka Junghoff z domu MulratGrób Elki Junghoff w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie., córka Jehudy Leiba Mulrata z Kalisza, żona kupca Kacpra Jezechiela Junghoffa. Data śmierci wyryta na jej nagrobku, 26 listopada 1804, jest prawdopodobnie błędna, gdyż wówczas pochówek odbyłby się dwa lata przed oficjalnym otwarciem cmentarza. Najstarszy znany zachowany nagrobek należy do Sary, córki Eliezera (zm. 8 września 1807)Grób Sary, córki Eliezera w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie..
Przez wiele lat cmentarz był traktowany jako elitarny i był wykorzystywany przez bogatszą społeczność żydowską. Pochówki uboższych Żydów kierowano na cmentarz na Bródnie. W 1824 dokonano pierwszego rozszerzenia cmentarza. W latach 20. XIX wieku władze carskie powołały Dozór Bożniczy, któremu podporządkowano Administrację Pogrzebową spełniającą dokładnie te same zadania co bractwo pogrzebowe. Sytuacja mocno zbulwersowała członków Chewra Kadisza, który nie chcieli dopuścić do oddania funkcji administrowania cmentarzem.