Na obszarze Parku znajdują się 42 jeziora, naturalne zbiorniki wodne, których łączna powierzchnia wynosi ponad 28 km².
Największe, najgłębsze i najatrakcyjniejsze dla większości turystów odwiedzających Park jest jezioro Wigry – o krętej linii brzegowej, urozmaicone wyspami, zatokami, głębinami, śródjeziornymi górkami i przybrzeżnymi obszarami płycizn. Wigry wraz z przyległymi, mniejszymi jeziorami tworzą szczególny zespół ekosystemów wodnych. Jezioro Wigry ma 2187 ha powierzchni, maksymalną głębokość 73 m i zajmuje centralną część parku.
Jeziora reprezentują szeroką gamę typów limnologicznych, różniących się pomiędzy sobą żyznością, termiką i koncentracją związków humusowych. Osobliwością wśród nich są dystroficzne jeziora śródleśne, tzw. suchary, otoczone mszarem torfowcowym. Główną rzeką parku jest Czarna Hańcza, przepływająca przez jezioro Wigry i stanowiąca znany i ceniony w kraju szlak kajakowy.