Flora thumb|250px|Jezioro Wigry thumb|250px|Ośrodek Edukacji Środowiskowej na zachodnim brzegu jeziora Pod względem geobotanicznym Wigierski Park Narodowy reprezentuje rejon północno-wschodniej Europy, charakteryzujący się dominacją mszystych lasów iglastych sosnowo-świerkowych. W jego granicach występuje blisko 800 gatunków roślin naczyniowych, ponad 200 gatunków mchów i wątrobowców, ok. 300 gatunków porostów. Bogata jest również flora glonów, zasiedlających parkowe wody. Wśród roślin rosnących w Parku aż 75 taksonów objętych jest ochroną gatunkową, przy czym 61 ochroną ścisłą, a 14 częściową. Na szczególną uwagę zasługują gatunki zagrożone wyginięciem oraz gatunki rzadkie. Na liście roślin naczyniowych występujących w Wigierskim Parku Narodowym w 1994 r. znalazły się 52 takie taksony, w tym jeden gatunek – kanianka lnowa (Cuscuta epilinum) – uznany za wymarły w Polsce. Aktualne badania nie potwierdzają jednak występowania tej rośliny.
Ochrona gatunków storczykowatych W Parku żyją aż 22 gatunki storczyków (łącznie w Polsce ok. 50), w tym krytycznie zagrożony miodokwiat krzyżowy oraz kukuczka kapturkowata.