Po utracie pracy Keith zakłada prywatne biuro detektywistyczne. Weronika pomaga ojcu w prowadzeniu śledztw, a równocześnie rozwiązuje własne sprawy na zlecenie uczniów i nauczycieli ze szkoły. W działaniach wspierają ją nowi przyjaciele: Wallace Fennel (Percy Daggs III), Eli „Weevil” Navarro (Francis Capra) oraz Cindy „Mac” Mackenzie (Tina Majorino).
Rok po śmierci Lily Weronika wznawia prywatne śledztwo w sprawie jej morderstwa. W trakcie dochodzenia odkrywa nowe dowody i powiązania między śmiercią przyjaciółki, zniknięciem matki a rozstaniem z Duncanem. Równocześnie próbuje ustalić tożsamość sprawcy gwałtu, którego padła ofiarą podczas imprezy szkolnej, oraz rozpoczyna poszukiwania swojej matki.
Sezon 2 W drugim sezonie serialu Weronika Mars pojawiają się nowe wątki fabularne. Logan Echolls (Jason Dohring) nawiązuje relację z Hannah (Jessy Schram), znacznie młodszą od siebie córką kluczowego świadka w sprawie prowadzonej przeciwko niemu. Zeznania ojca Hannah mogą doprowadzić do skazania Logana. Związek kończy się jednak szybko.
Jednym z głównych wątków kryminalnych sezonu jest sprawa morderstwa mężczyzny, na którego dłoni widnieje napis „Weronika Mars”. Śledztwo w tej sprawie stanowi istotny element fabuły.