Finał sezonu przynosi rozwiązanie zagadki katastrofy autobusu szkolnego. Okazuje się, że za zamach odpowiada Cassidy „Beaver” Casablancas (Kyle Gallner). Wychodzi również na jaw, że to on zgwałcił Weronikę oraz próbował ją zabić. Po ujawnieniu prawdy Cassidy popełnia samobójstwo, skacząc z dachu hotelu.
W ostatnim odcinku sezonu Weronika i Logan godzą się i odnawiają swój związek. Sezon kończy się sceną na lotnisku, gdzie Weronika czeka na ojca, z którym miała udać się na wakacje. Keith Mars jednak nie pojawia się na miejscu.
Sezon 3 Trzeci sezon serialu Weronika Mars koncentruje się na śledztwie w sprawie serii gwałtów na terenie Uniwersytetu Hearst, gdzie studiuje Weronika wraz z Loganem Echollsem, Cindy „Mac” Mackenzie oraz Wallace'em Fennelem. Weronika i Logan są nadal w związku.
W trakcie sezonu szeryf Don Lamb ginie, a Keith Mars, ojciec Weroniki, przejmuje jego stanowisko. Równolegle prowadzone jest śledztwo w sprawie morderstwa dziekana O'Della.
Weronika rozstaje się z Loganem po tym, jak dowiaduje się o jego romansie z Madison Sinclair (Amanda Noret) podczas ferii zimowych. Niedługo później nawiązuje relację ze Stoshem „Pizem” Piznarskim (Chris Lowell).