Od roku 1945 thumb|left|250px|Zamek joannitów w Sonnenburgu (ob. Słońsku), sztych Meriana, XVII w. Wraz z końcem II wojny światowej zakon stracił wszystkie swe posiadłości na ziemiach przyłączonych do Polski i ZSRR oraz na terenie sowieckiej strefy w Niemczech. Struktury zakonu zaczęto odbudowywać w 1947 na terenie ówczesnej RFN.

Na 35. Herrenmeistera wybrano księcia Oskara Karola Hohenzollerna (zm. 1958). W 1952 stworzono joannicką służbę ratowniczą (, JUH). Po 1990 zakon powrócił na teren byłej NRD. Od 2001 jego główną siedzibą był Berlin, od 2004 siedzibą jest Poczdam, przy czym administracja pozostała w Berlinie. Zakon posiada obecnie ok. 4000 członków w Niemczech i poza Niemcami, w jego różnych organizacjach pomocniczych działa 1,4 miliona osób. Pełne członkostwo (z prawem głosowania w wielkiej kapitule – przy wyborze Herrenmeistera) posiadają tylko mężczyźni, kobiety mogą być członkami honorowymi. Istnieją stopnie aspirantów, członków honorowych, honorowych komendatorów, rycerzy honorowych () oraz rycerzy z prawa ();