II wojna światowa thumb|upright=1.2|Zjazd NSB w Utrechcie w 1941 r. W przeddzień najazdu Niemiec na Holandię władze państwowe zdelegalizowały NSB i internowały prewencyjnie 31 jej działaczy z van Tonningenem na czele (ale bez Musserta). Podczas działań wojennych nie odnotowano żadnych przypadków zdrady ze strony żołnierzy będących członkami NSB; również Mussert potępił i usunął z partii około 100 członków przebywających już od dawna w Niemczech i uczestniczących w dywersyjnych atakach niemieckich spadochroniarzy. Po rozpoczęciu okupacji Mussert zaczął żywić nadzieję zbudowania „Wielkiej Holandii” jako niepodległego państwa pozostającego w sojuszu z III Rzeszą i pod jego prezydenturą. Umacniał go w tym Komisarz Rzeszy w Holandii (stosujący umiarkowany kurs), Arthur Seyss-Inquart. NSB otrzymało od Niemców finansowe i ideologiczne wsparcie, dzięki czemu liczba jej członków wzrosła w połowie 1941 roku do około 100 tysięcy. W sierpniu tego roku reaktywowano paramilitarne bojówki Weerbaarheidsafdeling, a Mussert przybrał tytuł Wodza (De Leider) ruchu. W tym czasie zaangażował się on, wraz z partią, w akcję rekrutacyjną do dwóch pułków Waffen-SS – „Westland” i „Nordwest” – a następnie Ochotniczego Legionu Holenderskiego, wysłanego na front wschodni do walki z Sowietami.