W 1380 zbudowano szpital i kościół św. Ducha w pobliżu bramy Grudziądzkiej. Pod koniec wieku ratusz, częściowo rozebrany w 1868 roku, którego pozostałości przy trójkątnym rynku zachowały się do dzisiaj.
W 1440 r. miasto było współzałożycielem antykrzyżackiego Związku Pruskiego. Mieszkańcy Brodnicy rozpoczęli bunty przeciwko władzy krzyżackiej i w 1454 roku uznali władzę króla Polski nad miastem (podobnie jak w m.in. Toruniu czy Chełmnie), co rozpoczęło wojnę trzynastoletnią. W 1466 roku, wskutek postanowień pokoju toruńskiego po zakończeniu wojny trzynastoletniej, Brodnica wraz z całą ziemią chełmińską weszła w skład Polski. W 1481 roku starostwo brodnickie od Kazimierza Jagiellończyka za 4500 guldenów otrzymał Franciszek Gliwicz, szlachcic małopolski herbu Starykoń.
Jako miasto królewskie stała się siedzibą starostów pochodzących z wybitnych polskich rodów (np. Mikołaj i Rafał Działyńscy oraz Zofia Zamoyska - siostra Jana Zamoyskiego). Od początku XVII wieku starostwo brodnickie nadawane było członkom rodziny królewskiejhttps://www.portal.brodnica.pl/strona-3346-historia.html.