W latach 1553 i 1661 miasto zostało zniszczone podczas pożarów. thumb|center|600px|Miasto od zachodu w latach 1738–1745 na rysunku Georga Friedricha Steinera mały|Anna Wazówna na muralu w Brodnicy Królewna Anna Wazówna objęła brodnickie starostwo w 1605 roku i mieszkała tu do śmierci w 1625 roku. Głównym powodem opuszczenia przez Annę dworu królewskiego w Krakowie było jej protestanckie wyznanie. Ponieważ w odróżnieniu od swojego królewskiego brata Zygmunta III Wazy – gorliwego katolika była oddaną luteranką, powodowało to częste niesnaski na dworze, którego nie cechowała szeroko pojęta tolerancja religijna. Jej wybór co do miejsca przenosin, w którym mogłaby bez przeszkód żyć i głosić swoje poglądy, padł na Brodnicę, w której jeszcze dwa lata wcześniej żył i tworzył znany polski działacz protestancki Erazm Gliczner, pisarz i reformator religijny, pedagog, jeden z twórców zgody sandomierskiej z 1570 roku. Istniał tu zbór luterański pod patronatem królewny Anny Wazówny, po jej śmierci został zamkniętyHenryk Merczyng, Zbory i senatorowie protestanccy w dawnej Rzeczypospolitej, Warszawa 1904, s. 23..