W Sejmie pełnił funkcję przewodniczącego Komisji do Spraw Służb Specjalnych. Był inicjatorem wprowadzenia jednorazowej zapomogi z tytułu urodzenia się dziecka, nazwanej potocznie „becikowym”.

Był przewodniczącym kongresu LPR (od stycznia 2002), w marcu 2006 został wybrany na prezesa tej partii w miejsce Marka Kotlinowskiego.

Wicepremier i minister edukacji narodowej mały|Roman Giertych w Sejmie RP (2007) Od 5 maja 2006 do 13 sierpnia 2007 sprawował funkcje wicepremiera i ministra edukacji narodowej w rządach Kazimierza Marcinkiewicza i Jarosława Kaczyńskiego.

Jego nominacja na ministra doprowadziła w maju 2006 do manifestacji studenckich, które odbyły się m.in. w Gdańsku, Krakowie, Łodzi, Rzeszowie, Szczecinie i Warszawie. W czerwcu z inspiracji Inicjatywy Uczniowskiej odbył się protest grupy uczniów przed ministerstwem, którego uczestnicy spalili kukłę symbolizującą Romana Giertycha. Powodem tych demonstracji były kontrowersje związane z jego poglądami o charakterze nacjonalistycznym. Inicjatywy te zostały przez niego samego określone jako „protesty lewackich ugrupowań”. Zorganizowano także zbieranie podpisów pod listem otwartym dotyczącym jego odwołania (zebrano około 138 tysięcy podpisów).