Powstała także inicjatywa „Giertych musi odejść” postulująca jego odwołanie, która organizowała w ciągu pierwszych miesięcy manifestacje i marsze protestacyjne w całej Polsce, m.in. pod hasłem „Początek Roku – Koniec Giertycha”.
W czerwcu 2006 podjął decyzję o odwołaniu szefa Centralnego Ośrodka Doskonalenia Nauczycieli Mirosława Sielatyckiego. Jako uzasadnienie tej decyzji podał wydanie przez CODN podręcznika dla nauczycieli Kompas – edukacja o prawach człowieka w pracy z młodzieżą. Celem tej publikacji, stworzonej w 2002 z inicjatywy Rady Europy i przetłumaczonej na blisko 20 języków, była promocja praw człowieka. Według Romana Giertycha podręcznik miał służyć „promocji homoseksualizmu” w szkole. Przeciwko decyzji ministra protestowali m.in. pracownicy CODN, Polska Izba Książki, Amnesty International i sekretarz generalny Rady Europy Terry Davis.
Jako minister przywrócił do szkół obowiązek przystąpienia na maturze do egzaminu z matematyki. W lipcu 2006 ogłosił częściową „amnestię maturalną” dla absolwentów, którzy w tym samym roku nie zdali matury. Rzecznik praw obywatelskich zaskarżył wprowadzające ją rozporządzenie do Trybunału Konstytucyjnego, który 16 stycznia 2007 uznał amnestię maturalną za niezgodną z Konstytucją RPWyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 16 stycznia 2007 r. sygn.