W 2014 otrzymał Nagrodę Templetona. W 2016 roku otrzymał nagrodę Nagrodę „Pontifici” warszawskiego Klubu Inteligencji Katolickiej. W 2019 roku otrzymał Medal świętego Jerzego przyznawany przez Tygodnik Powszechny, w 2021 Nagrodę im. ks. Józefa TichneraNagroda Tischnera: Laureaci.
Twórczość Halík w swoich publikacjach często przedstawia Boga dynamicznego, podobnie jak ogień płonącego krzewu, towarzyszącego wędrowcom i wędrującego razem z nimi, dlatego w „kryzysie religii” dopatruje się szansy dla rozwoju właśnie dynamicznej wiary.
Publikacje w języku polskim Wyzwoleni, jeszcze nie wolni. Czeski katolicyzm przed i po 1989 roku, Poznań 1997. Radziłem się dróg. Z Tomášem Halíkiem rozmawia Jan Jandourek, Poznań 2001. Co nie jest chwiejne, jest nietrwałe. Labiryntem świata z wiarą i wątpliwościami, Kraków 2004. Przemówić do Zacheusza, Kraków 2005. Zacheuszu!