Będąc studentem czwartego roku, rozpoczął pracę naukowodydaktyczną, a od 1951 roku był zatrudniony na stanowisku asystenta na Wydziale Architektury i Urbanistyki. Równocześnie przez kilka lat pracował w Miastoprojekcie Wrocław - pracowni Kościuszkowskiej Dzielnicy Mieszkaniowej pod kierownictwem architekta Romana Tunikowskiego. W 1956 roku został adiunktem, po obronie pracy doktorskiej Zastosowanie płomieniowych natrysków szkliw ceramicznych do barwnych powłok w architekturze, w 1979 docentem po uzyskaniu tytułu doktora habilitowanego za pracę Powłokowe formy sklepieniowe. W 1990 roku otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w rok później profesora nauk technicznych. 28 sierpnia 1980 roku Minister Kultury i Sztuki nadał Witoldowi Lipińskiemu status architekta twórcy.

Był promotorem 13 przewodów doktorskich. Pozostawił po sobie wiele często nowatorskich opracowań z dziedziny architektury.

Poza pracą dydaktyczno-naukową na Politechnice Wrocławskiej był wykładowcą w Państwowej Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych we Wrocławiu (1973–1983) oraz w Wyższej Szkole Turystyki i Hotelarstwa w Bydgoszczy (2004–2005).