Gdy w 868 r. Enchin został wyznaczony głową szkoły tendai i otrzymał cesarską zgodę na uczynienie z Mii-dery oficjalnego miejsca przekazu nauk ezoterycznych, doszło do jawnego rozłamuRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 258. Śmierć Enchina w 891 r. bynajmniej nie rozwiązała konfliktu personalnego, a nawet go jeszcze zaogniła. Obie strony zaczęły tworzyć armie złożone z mnichów (tzw. sōhei). Armie te krwawo walczyły między sobą i nawzajem podpalano budynki klasztorneRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 76.
Sytuację zaogniło także polityczne opowiedzenie się po dwóch stronach konfliktu między klanami Taira, który wspierał Enryaku-ji, a Minamoto, który wspierał Mii-deręRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 77.
W 966 r. pożar zniszczył większość budynków na górze Hiei. Głową tendai zostaje Ryōgen (912-985) i przystępuje do odbudowy kompleksu świątynnegoRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 314.
W 993 r. w wyniku konfliktu pomiędzy sammon a jimon, zwolennicy jimon zostają zmuszeni do opuszczenia góry Hiei. 1000 mnichów opuszcza Enryaku-ji wraz z artefaktami, tekstami, wyobrażeniami i schodzi do klasztoru Onjō, znanego bardziej jako Mii-dera, który znajdował się u stóp góry Hiei.