W 1035 r. wybuchła bitwa pomiędzy mnichami Enryaku-ji i Mii-dery. W 1042 r. mnisi Enryaku-ji spalili do szczętu Mii-derę.
W 1113 r. mnisi z Enryaku-ji zniszczyli budynek w Kiyomizu-dera, która należała do klasztoru Kōfuku. Mnisi uważali, iż mają prawo wyboru głównego mnicha w tej świątyniRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 315.
W XV w. powstała trzecia podszkoła nazwana shinsei, która podkreślała swoje oddanie buddzie Amidzie. Shinsei (także shinzei) została założona przez mnicha Shinzeia (1443-1495)Red. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 273.
W 1465 r. mnisi z Enryaku-ji spalili całkowicie świątynię szkoły Jōdō Shin Hongan-ji w Ōtani. W 1479 r. Rennyo odbudował świątynięRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 320.
W 1524 r. kapłani z Enryaku-ji spalili całkowicie świątynie szkoły Nichiren w Kioto, a w 1536 r. spalili pozostałeRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 321.
W 1571 r. Nobunaga Oda spalił klasztory na górze HieiRed. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str. 322.
W 1633 r. mnich tendai Tenkai (1536-1643) ukończył publikację buddyjskiego kanonu zwanego "edycją Tenkaia"Red. Yusen Kashiwahara, Koyu Sonoda. Sharpers of Japanese Buddhism. Str.