Liczne obowiązki sprawiły, że rozluźnieniu uległy kontakty z Włocławkiem, w związku z czym w 1953 zrezygnował z prowadzenia wykładów w tamtejszym Wyższym Seminarium Duchownym, a w 1965 złożył także godność kanonika kapituły włocławskiej. W 1966 przeszedł na emeryturę. Stale mieszkał w Warszawie, mimo podeszłego wieku kontynuując badania naukowe.
Zmarł w Warszawie, pochowany został jednak na własne życzenie we Włocławku, a jego księgozbiór włączono do zbiorów włocławskiej Biblioteki Seminaryjnej.
Wikariusz kapitulny diecezji warmińskiej Diecezją warmińską kierował tymczasowo w skomplikowanej sytuacji polskiego kościoła po aresztowaniu prymasa Stefana Wyszyńskiego. Tuż po aresztowaniu Wyszyńskiego zatrzymany został również warmiński wikariusz kapitulny Wojciech Zink i 3 października 1953 kapituła warmińska wybrała w jego miejsce Jana Hanowskiego. Wyboru tego nie zaakceptował przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski biskup Michał Klepacz (zgłosił zarzut formalny, iż w tym wyborze uczestniczył nieuprawniony ks. Stefan Zajkowski, będący jedynie kanonikiem honorowym), który jednocześnie uzgodnił z władzami państwowymi kandydaturę Stefana Biskupskiego na tymczasowego rządcę diecezji warmińskiej.