W wyniku postanowień drugiego pokoju toruńskiego pozostała w Prusach Krzyżackich.
Osada rozrastała się dzięki położeniu na szlaku handlowym z Warszawy do Królewca. W 1485 r. założono parafię, w miasteczku istniały wówczas dwie karczmy.
Od 1525 r., w związku z sekularyzacją zakonu i złożonego hołdu lennegomiejscowość znalazła się w granicach Prus Książęcych.
W 1538 r. tylko pięciu mieszczan nie znało języka polskiego. Rejestr podatkowy z 1539 r. wymieniał 44 domy mieszkalne po Bartnej Stronie i 29 domów na podzamczu.
Zamek w związku z utratą charakteru obronnego podupadł. Książę Jerzy Fryderyk Hohenzollern wybrał tę okolicę na swoje tereny łowieckie. W 1580 r. zlecił przekształcenie zamku w pałacyk myśliwski. Wielu rzemieślników zaangażowanych w prace budowlane osiedliło się w pobliżu zamku po ukończeniu przebudowy w 1581 r. Na prośbę mieszkańców w 1600 r. starosta książęcy Andreas von Eulenburg postanowił nadać przywilej warzenia piwa. Decyzja ta doprowadziła do sporu z pobliskim Pasymiem, którego mieszkańcy obawiali się rozwoju konkurencyjnego ośrodka i wynikających z tego stratgospodarczych. W kulminacyjnym momencie sporu doszło do zbrojnego rozstrzygnięcia na polach wsi Jęcznik. Trwający konflikt zakończył się 23 marca 1616 r.