Po uzyskaniu inka-shōmei u tego mistrza powrócił do Japonii w 1191, przywożąc teksty zen i sadzonki herbaty. Założył Hōon-ji na wyspie Kiusiu, pierwszą japońską świątynię zen. Tak oddalone od centrów religijnych Japonii miejsce było wybrane specjalnie, aby uniknąć konfliktów ze szkołą Tendai.
Przy okazji, wierząc w dobroczynną moc herbaty eksperymentował z różnymi metodami jej uprawy i rodzajami sadzonek. Napisał też tekst pt. "Kissa yōjōki" ("Zapiski o piciu herbaty dla zdrowia"), w którym argumentował: W wielkim kraju Chin piją herbatę, przez co nie mają kłopotów z sercem i żyją długo. Nasz kraj jest pełen chorych, słabowitych ludzi po prostu dlatego, że nie pijemy tego napoju. (...) Kiedy całe ciało czuje się słabo, to znak, że serce potrzebuje wsparcia. Pij dużo herbaty, a twoja energia będzie odbudowana.
Eisai z rozwagą propagował zen, starając się uszanować zarówno zwolenników szkoły Tendai, jak i dwór cesarski, dyplomatycznie manewrując wśród nich. Jego metody nauczania nie podobały się jednak tradycyjnym szkołom buddyzmu, takim jak Tendai, Shingon i buddyzm Czystej Krainy. W 1199 udał się do Kamakury, gdzie siogun i kasta samurajów entuzjastycznie powitali dobrze pasujące do sztuk walk techniki zen.