Masako Hōjō, wdowa po Yoritomo Minamoto (1147–1199), pierwszym z siogunów okresu Kamakura (1185–1333), pozwoliła mu zbudować świątynię Jufuku-ji, pierwszy ośrodek zen w Kamakurze. Eisai podróżował często między Kamakurą i Kioto i mimo oporu tradycjonalistów udało mu się założyć w Kioto w 1205 świątynię Kennin-ji, której został opatem.
Zmarł w 1215 w wieku 75 lat. Jego uczeń Dōgen był jednym z największych mistrzów zen w historii, założycielem szkoły sōtō.
Linia przekazu Dharmy Pierwsza liczba oznacza liczbę pokoleń mistrzów od 1 patriarchy indyjskiego Mahakaśjapy.
Druga liczba oznacza liczbę pokoleń od 28/1 Bodhidharmy, 28 patriarchy Indii i 1 patriarchy Chin.
Trzecia liczba oznacza początek nowej linii przekazu w danym kraju. 38/11. Linji Yixuan (zm. 867) szkoła linji 39/12. Xinghua Cunjiang (830-925) 40/13. Nanyuan Huiyong (Paiying) (860-930) 41/14. Fengxue Yanzhao (896-973) 42/15. Shoushan Xingnian (926-993) 43/16. Fenyang Shanzhao (947–1024) 44/17. Shishuang Chuyuan (Zhiming Chuyuan) (968–1039) 45/18. Yanggi Fanghui (992–1049) szkoła yangqi 45/18. Huanglong Huinan (1002–1069) szkoła huanglong 46/19. Xuefeng Daoyuan (bd) 46/19. Yungai Shouzhi (1025–1115) 46/19. Letan Kewen (1025–1102) (także Baofeng) 47/20. Juefan Huihong (1071–1128) 47/20. Doushuai Congyue (1044–1091) 46/19.