Udali się wraz ze Skaryną na jego zaproszenie do Wilna.
Dnia 5 lutego 1532 roku król Zygmunt Stary na wniosek kredytorów zmarłego Iwana Skaryny podpisał dekret, nakazujący aresztowanie Franciszka. Rozkaz króla został wykonany na początku marca 1532 roku, gdy Skaryna przybył do Poznania. Dnia 24 maja 1532 roku jego bratanek, Roman, wystarał się u króla o uwolnienie stryja i zakaz ścigania za długi brata. Miesiąc później, 17 czerwca 1532 roku, Franciszek Skaryna, który przebywał wówczas na służbie jako sekretarz i osobisty lekarz na dworze biskupa wileńskiego Jana, wystąpił o odszkodowanie w wysokości sześciu tysięcy złotych za straty, które wyrządzili mu kredytorzy zmarłego brata. Jesienią, 21 listopada 1532 roku król specjalnym dekretem wyzwolił Franciszka Skarynę spod władzy sądu, wojewodów, kasztelanów i starostów.
Zdaniem Adama Maldzisa wyjazd Skaryny z Wilna był spowodowany niechęcią Kanclerza wielkiego litewskiego Olbrachta Gasztołda, sprzeciwiającego się działalności wydawniczej w języku ruskim. Według innego źródła, mecenas Gasztołd był promotorem wydawania Biblii po białorusku, na które to przedsięwzięcie dawał Franciszkowi Skorynie, pieniądze.