Łącznie z dwoma prototypami powstało 1460 samolotów.
Służba thumb|E13A1 wystrzeliwany z katapulty krążownika „Ashigara”, maj 1943 roku thumb|E13A1 na brzegu jednej z baz na wyspach Pacyfiku Samoloty były używane od wiosny 1941 roku jako wodnosamoloty rozpoznawcze na okrętach-bazach wodnosamolotów i prawie wszystkich pancernikach oraz ciężkich krążownikach cesarskiej marynarki Japonii. Zastąpiły w tym charakterze wodnosamoloty Kawanishi E7K. Cztery E13A1 zadebiutowały bojowo z okrętu-bazy „Kamikawa Maru” podczas osłony japońskiej operacji zajęcia południowych Indochin w lipcu 1941 roku, eskortując transportowce wojska do Sajgonu. W drugiej połowie 1941 roku bombardowały także kolej Kanton – Hankou w Chinach.
Aichi E13A1, oznaczone w kodzie amerykańskim jako Jake, były następnie szeroko używane podczas II wojny światowej na Pacyfiku, począwszy od lotów rozpoznawczych z krążowników 8 dywizjonu („Tone”, „Chikuma” i ) podczas ataku na Pearl Harbor w grudniu 1941 roku. Operowały z okrętów, a także baz na wyspach i kontynencie. Spotykana jest opinia, że samoloty te można było znaleźć „wszędzie, gdzie była aktywna Japońska Cesarska Marynarka Wojenna”. Ich zaletą była długotrwałość lotu sięgająca prawie 15 godzin.