Gdy wrócił po dwóch latach, ojciec z zadowoleniem dostrzegł, że ślady skrajnych poglądów zniknęły. Wysłał go więc na studia prawnicze na miejscu w Londynie. W roku 1667 Penn pojechał do Irlandii, by skontrolować stan posiadłości ojca. Tam spotkał się z kwakierskim kaznodzieją, Thomasem Loe, który szybko nawrócił go na nową wiarę. Mając przed sobą świetną karierę, wybrał drogę ludzi, którzy w tym czasie byli wyszydzani, więzieni, nawet skazywani na banicję. Ojciec na wieść o tym doznał szoku nerwowego.
Prześladowania Penn był kilka razy aresztowany i więziony za głoszenie nowej wiary. Za pierwszym razem spędził 8 miesięcy w Tower of London, gdzie spisał kwakierskie zasady wiary: No Cross, no Crown. Było to w roku 1668. O jego zwolnienie postarał się ojciec.
W roku 1670 został ponownie aresztowany podczas zebrania kwakrów i oskarżony o nawoływanie do zamieszek. Przysięgli uznali go niewinnym, więc sędzia zagroził im uwięzieniem, jeśli nie zmienią werdyktu. Ławnicy okazali się nieustępliwi i rzeczywiście trafili do więzienia, ale sąd apelacyjny uznał, że nie wolno więzić sędziów przysięgłych, co m.in.