Działalność syjonistyczna Podczas pobytu w Niemczech Hess stał się świadkiem narastającej fali niemieckiego antysemityzmu. W tym czasie powrócił do swego żydowskiego imienia w celu zaprotestowania przeciwko tendencjom asymilacyjnym. Wówczas najprawdopodobniej powrócił do religii, w formie panteizmu zbliżonego do tego, jaki propagował Spinoza. W 1862 roku opublikował książkę pt. „Rzym i Jerozolima: Ostatnia kwestia narodowa” (niem. Rom und Jerusalem: Die letzte Nationalitätsfrage). Przeciwstawił się w niej popularnej wśród Żydów asymilacji i emancypacji, propagując powrót do Ziemi Izraela. Jako socjalista traktował państwo żydowskie w Palestynie jedynie jako wstępną fazę mesjanistycznego wyzwolenia ludzkości. Jako pierwszy nowoczesny syjonista dokonał uważnej analizy przebudzenia narodowego w Europie po Wiośnie Ludów. Zastanawiał się nad rozkwitem włoskiego nacjonalizmu, poglądami Giuseppe Mazziniego o liberalnym nacjonalizmie i niemiecką reakcją na to zjawisko. Doszedł do wniosku, iż jest to odpowiedni czas także na narodowe odrodzenie żydowskie, które nie będzie jednak tolerowane przez Niemców. Jego książka nawoływała do utworzenia żydowskiej socjalistycznej wspólnoty w Palestynie, co miało być jedyną odpowiedzią na wzrastający w Europie antysemityzm.