W środku obrazu znajduje się drzewo. Jego korzenie ześlizgują się w dół, by dotknąć głowy Dzieciątka. Scena ta nawiązuje do proroctwa z Księgi Izajasza: II wyrośnie różdżka z pnia Jessego, wypuści się odrośl z jego korzeni (Iz 11,1). Drzewo przywodzi na myśl również ród Medyceuszy, ukazanej emblematycznie przez Leonarda w postaci odciętego drzewa wypuszczającego pędy. Historycy widzieli na obrazie drzewo oliwne (Dmitrij Mereżkowski), wawrzyn (Gerolamo Calvi), szarańczyn strąkowy (Carlo Pedretti), orzech (Carlo Vecci). Botanik Paolo Grossoni orzekł, że Leonardo namalował jesion mannowy lub pistację terpentynową. Obok tego drzewa porasta inna roślina, określana w źródłach jako karłatka niska, symbolizująca symbol męki Chrystusa oraz zwycięstwa i zmartwychwstania lub cnotę (jak na Portrecie Ginevry Benci). Przyjmując że roślina ta stanowi karłatkę, Leonardo namalował niewłaściwy pień.

W prawym górnym rogu widoczne są dwa konie wspięte na tylnych nogach. Wyglądają tak, jakby ich jeźdźcy toczyli między sobą walkę. Motyw ten może nawiązywać do średniowiecznej legendy, zgodnie z którą Trzej Królowie byli początkowo wrogami, po czym zawarli pokój po spotkaniu Jezusa.