Po zajęciu Koszyc przez wojska Imre Thökölyego w 1682 roku kościół ponownie przekazano protestantom; po upadku jego powstania w drugiej połowie lat 80. XVII wieku świątynia ostatecznie pozostała w rękach katolików.
Na początku XVIII wieku kościół ponownie ucierpiał wskutek działań wojennych. W 1706 roku, podczas walk związanych z powstaniem Franciszka II Rakoczego, uszkodzone zostały przede wszystkim zachodnia i południowa część budowli. W ciągu XVIII wieku prowadzono sukcesywne naprawy, a wnętrze wzbogacano o wyposażenie barokowe. Kolejny poważny pożar w 1775 roku doprowadził m.in. do przebudowy zwieńczenia północnej, tzw. Zygmuntowskiej Wieży, która otrzymała zachowany do dziś rokokowo-barokowy hełm.
Istotna zmiana statusu świątyni nastąpiła w 1804 roku. Papież Pius VII utworzył wówczas diecezję koszycką, wydzieloną z rozległej diecezji egerskiej, a dotychczasowy miejski kościół parafialny św. Elżbiety stał się kościołem katedralnym nowej diecezji.