W XVI wieku losy świątyni pozostawały ściśle związane z rozwojem reformacji w Koszycach. 13 kwietnia 1556 roku miasto zostało zniszczone przez wielki pożar, w którym poważnie ucierpiał również kościół św. Elżbiety – spłonęły dach i więźba dachowa oraz znaczna część wyposażenia. Po katastrofie przeprowadzono naprawy, jednak w drugiej połowie XVI wieku świątynia pozostawała w użytkowaniu protestantów. W 1597 roku, po zajęciu Egeru przez Turków, do Koszyc schroniła się kapituła egerska, co zaostrzyło spór o użytkowanie głównego kościoła miejskiego.
Na początku XVII wieku świątynia kilkakrotnie zmieniała przynależność wyznaniową, stając się jednym z symbolicznych miejsc konfliktu pomiędzy protestanckimi władzami miasta a katolickimi Habsburgami. W 1604 roku kościół został siłą odebrany protestantom i przekazany katolikom, jednak po wybuchu powstania Stefana Bocskaya ponownie znalazł się w rękach protestantów. W kolejnych dziesięcioleciach sytuacja zmieniała się wraz z następującymi po sobie powstaniami antyhabsburskimi. W listopadzie 1671 roku, w ramach prowadzonej na Słowacji rekatolizacji, świątynię ponownie przejęli katolicy. 24 listopada jej zamknięte drzwi zostały sforsowane, a następnego dnia biskup Egeru dokonał ponownego poświęcenia kościoła.