miejscu w Konferencji Wschodniej i w rezultacie nie zakwalifikowali się do fazy play-off.
Po zakończeniu sezonu Calderón był członkiem reprezentacji Hiszpanii na rozgrywane w dniach 19 sierpnia–3 września 2006 mistrzostwa świata w Japonii. W fazie grupowej wygrali oni wszystkie spotkania, awansując tym samym z pierwszego miejsca do 1/8 finału. W meczu fazy grupowej wygranym przez Hiszpanię 92–71, Calderón zaliczył swój najlepszy występ turnieju. Zdobył wtedy bowiem 20 punktów (trafiając 8/9 rzutów z gry, w tym 2/3 za trzy, oraz 2/2 rzutów wolnych) oraz miał 6 asyst, będąc jednocześnie najlepszym punktującym i asystującym zarówno zespołu, jak i całego spotkania. W 1/8 finału Hiszpanie pokonali reprezentację Serbii i Czarnogóry 87:75, a Calderón ponownie był najlepszym asystującym zespołu oraz meczu. W kolejnych meczach hiszpańska drużyna narodowa zwyciężała odpowiednio z Litwą (89:67), i Argentyną (75:74), po czym awansowała do finału. W finale Calderón trafił tylko 2 z 7 rzutów z gry, jednak Hiszpanie wygrali 70:47, zdobywając tym samym tytuł mistrzów świata. alt=|lewo|mały|Calderón (na środku) podczas meczu z Boston Celtics w 2007 W sezonie 2006/2007 – swoim drugim w NBA – Calderón pełnił rolę zmiennika T.J.'a Forda, którego Raptors pozyskali na mocy wymiany dokonanej po zakończeniu poprzednich rozgrywek z Milwaukee Bucks.