11 stycznia 2002 do Guantanamo przybyli pierwsi więźniowie przeniesieni z Afganistanu. Zostali osadzeni w celach z siatki drucianej w obecnie już zamkniętym obszarze zwanym Camp X-Ray. Wkrótce po tym prezydent Bush podpisał kolejny dokument, stanowiący iż więźniowie z Guantanamo nie mają statusu jeńców wojennych, jak również nie obejmuje ich Art. 3 Konwencji Genewskich, zakazujący stosowania tortur, poniżającego, upokarzającego traktowania i gwarantujący im prawo do uczciwego procesu. Dokument, jako że nie przyznawał więźniom statusu jeńca wojennego, nazwał ich „wrogimi bojownikami”. Żaden z przepisów prawa międzynarodowego nie zawiera tego pojęcia.
Osoby przetrzymywane w Guantanamo poddawane są łamiącym przepisy prawa międzynarodowego technikom przesłuchań. Są m.in. obnażani, ośmieszani (również w aspekcie seksualnym), zastraszani, izolowani, szczuci psami, ustawiani na wiele godzin w niewygodnych pozycjach, czy przetrzymywani w pomieszczeniach ze skrajnie niską temperaturą. Sekretarz obrony Donald Rumsfeld oficjalnie zatwierdził stosowane techniki jako zgodne z prawem w kwietniu 2003.