Dopiero w grudniu 2005 prezydent Bush podpisał Ustawę o Traktowaniu Zatrzymanych, która zabrania okrutnego, nieludzkiego i poniżającego traktowania więźniów, ale jednocześnie ogranicza ich prawo do sądowej kontroli legalności zatrzymania i warunków uwięzienia. Pomimo tego zapewnienia, z bazy nadal wydostają się na świat informacje o niezaniechaniu okrutnych praktyk.
W czerwcu 2006 Sąd Najwyższy USA wydał wyrok stwierdzający, iż komisje wojskowe ustanowione Rozkazem Wojskowym z 2001 roku są sprzeczne z prawem USA i prawem międzynarodowym oraz zmienił postanowienie prezydenta z 2002 roku stwierdzając, że Art. 3 Konwencji Genewskich ma zastosowanie wobec więźniów Guantanamo. W odpowiedzi na wyrok prezydent Bush podpisał ustawę o komisjach wojskowych (). Ustawa ta pozbawia amerykańskie sądy prawa do rozpatrywania wniosków w sprawach legalności zatrzymania osób niebędących obywatelami USA przetrzymywanych jako „wrodzy bojownicy”. O tym, kto zostanie uznany za „wrogiego bojownika”, decyduje Trybunał ds. Weryfikacji Statusu Bojowników, składający się z trzech oficerów USA. Od sierpnia 2004 do marca 2005 status ten nadano 520 z 558 przesłuchiwanych osób.