Więźniowie nie mogli kontaktować się z prawnikami, dopuszczano dowody z wymuszonych zeznań.
Od pierwszych transferów do Guantanamo w styczniu 2002 w bazie było przetrzymywanych 779 osób z ponad 40 krajów – najwięcej z Arabii Saudyjskiej i Jemenu, w tym 17 nieletnich. W 2009 przebywało tam około 250 osób. Pozostali zostali zwolnieni. Nikomu nie postawiono jakichkolwiek zarzutów. W 2013 w więzieniu przetrzymywano 86 osób, chociaż od 2009 byli wytypowani do uwolnienia. Według analizy Seton Hall University na danych 517 więźniów w 2006, 55% z nich nie przejawiało agresywnego zachowania względem USA, a zaledwie 8% z nich miało powiązania z terrorystyczną Al-Ka’idą. Uwolnieni często uskarżali się, że w bazie byli poddawani torturom lub maltretowani w inny sposób. Wśród sposobów torturowania i poniżania zatrzymanych było bicie, długotrwałe trzymanie w izolacji, deprywacja sensoryczna, pozbawianie snu lub światła, długotrwałe przesłuchiwanie, szczucie psami, zmuszanie do długotrwałego przebywania w niewygodnych pozycjach, przeszkadzanie w modlitwie i znieważanie przedmiotów religijnych, jak Koran. Stosowanie tortur potwierdził także raport FBI.