W 1882 roku przeniósł się do kliniki Paula Flechsiga w Lipsku. Po niespełna czterech miesiącach został zwolniony z pracy – oficjalnym powodem było zaniedbywanie pacjentów i nieodpowiednie warunki higieniczne na oddziale. Przypuszczalnie faktycznym powodem były osobiste animozje między Flechsigiem a Wundtem, w którego laboratorium Kraepelin z zaangażowaniem pracował i spędzał więcej czasu niż w klinice. Zatrudnił się wtedy w poliklinice Wilhelma Erba. W semestrze letnim 1883 wykładał anatomię i fizjologię mózgu ze szczególnym uwzględnieniem psychologii (z demonstracjami), patologię i leczenie zaburzeń psychicznych, ze szczególnym uwzględnieniem aspektów prawnych psychopatologii, oraz psychologię przestępczości (Criminalpsychologie). W semestrze zimowym przygotowywał wykłady z psychologii eksperymentalnej, wykłady o halucynacjach i urojeniach, oraz psychiatrię sądową, z ćwiczeniami praktycznymi, dla lekarzy i prawników.