W 1903 roku przyjął katedrę psychiatrii na Uniwersytecie w Monachium, wakującą po nagłej śmierci . Prawdopodobnie był rozczarowany bezskutecznymi próbami poprawienia warunków w heidelberskiej klinice. Do Monachium przenieśli się także Alzheimer, Nitsche i Gaupp, a później również Lotmar i Allers.
W 1908 roku został wybrany członkiem Królewskiej Szwedzkiej Akademii Nauk. W roku następnym wybrano go na honorowego członka brytyjskiej Medico-Psychological AssociationEmil Kraepelin. Br Med J. 2(3436): 914 (1926).. W latach I wojny światowej brał udział w utworzeniu bawarskiej sekcji Deutsche Vaterlandspartei. W 1920 roku otrzymał doktorat honoris causa wydziału filozofii Uniwersytetu Albertyna w Królewcu.
W 1917 roku założył Deutsche Forschungsanstalt für Psychiatrie, później połączone z Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft (obecnie ). Kraepelin pozostał w Monachium do przejścia na emeryturę w 1922 roku. Do jego współpracowników w Monachium zaliczali się Gaupp, Alzheimer, Rüdin, Georg Stertz, , Max Isserlin i Felix Plaut. Z okazji 70. urodzin wydano dwa okolicznościowe zbiory prac jego uczniów.
Prowadził lukratywną prywatną praktykę. Jego pacjentem był m.in.