most był doraźnie remontowany, a ostatni generalny remont mostu (pod koniec lat 80.) doprowadził do wstrzymania ruchu tramwajowego na Stogi na okres trwania robót. W latach 1986–89 został rozebrany i zbudowany na nowo, węższy, ale o nośności zwiększonej do 30 ton; oddany do użytku 31 sierpnia 1989.
W ostatnich latach most Siennicki został odciążony przez nowy most III Tysiąclecia im. Jana Pawła II (będący częścią Trasy Sucharskiego). Jednak mimo to fakt, iż przez lata był jedynym połączeniem Wyspy Portowej z pozostałą częścią Gdańska, a w międzyczasie znacząco wzrósł ruch samochodowy, doprowadził do znacznego zużycia konstrukcji. Dlatego też w czerwcu 2014 rozpoczął się remont Mostu Siennickiego, będący jednym z elementów Gdańskiego Projektu Komunikacji miejskiej (etap IIIC); Most Siennicki został zamknięty jedynie dla ruchu kołowego. Most im. Jana Pawła II przejął ruch samochodowy (w tym autobusów komunikacji regularnej i zastępczej), nie zapewniając jednak z braku chodników (poza awaryjnymi) bezpiecznej przeprawy dla pieszych i rowerzystów. Ruch tramwajów przywrócono 24 grudnia tego samego roku mimo wciąż trwających prac przy remoncie jezdni mostu.