– Główna administracja Omakaitse pod kierownictwem płk. Arnolda Sinki. W 1944 r. administracyjne zwierzchnictwo nad Omakaitse objął jako Inspektor gen. Johannes Soodla. W terenie lokalne oddziały Omakaitse (zwane malev) podlegały władzy niemieckich prefektów policji. Na obszarze okupowanej Estonii istniało 12 terytorialnych dowództw Omakaitse. Były to: Tallinn – płk Johan Paul, Harju – kpt. Evald Saidra, Lääne – mjr August Kõrgma, Sarema – kpt. Peeter Kangro, Pärnu – mjr Paul Lilleleht, Viljandi – mjr Anton Pori, Valga – mjr August Sander, Võru – kpt. August Tiivel, Petseri – płk Hugo Jaanson, Järva – mjr Johannes Jaagund Viru – kpt. Jakob Vaska.
Członkowie Omakaitse mieszkali w domach, gdzie trzymali też broń. Od czasu do czasu odbywali przeszkolenie wojskowe. Lokalne oddziały Omakaitse odpowiadały za utrzymanie wewnętrznego bezpieczeństwa w poszczególnych okręgach kraju. Były używane do ochrony różnych instalacji i obiektów wojskowych, szlaków komunikacyjnych, zwalczania agentów sowieckich zrzucanych na spadochronach, wyłapywania w początkowym okresie okupacji sowieckich żołnierzy ukrywających się w lasach. W poł. 1942 r. ich ogólna liczebność wynosiła ok. 43 tys. ludzi, w tym ponad 38 tys. w oddziałach terytorialnych i ok. 4,5 tys. stacjonujących w garnizonach.