Rośnie głównie na polach.
Mieszaniec Mimo istnienia bariery ekologicznej między czyśccem błotnym i leśnym (S. sylvatica) czasem rosną one na tyle blisko siebie, że możliwe jest tworzenie się mieszańca S. palustris × S. sylvatica (= S. × ambigua). Hybryda ma cechy pośrednie w stosunku do taksonów rodzicielskich (liście przypominają jednak bardziej te czyścca błotnego). Cechą charakterystyczną jest częsta u mieszańca żywoczerwona barwa kwiatów, nieco dłuższy niż u S. palustris ogonek liściowy i zwykle brak owoców (jeśli są, to nie dojrzewają). Mimo że jest sterylny, to może utrzymywać się na stanowiskach dzięki rozmnażaniu wegetatywnemu (za pomocą kłączy i rozłogów wytwarzanych w wielkich ilościach). Bywa, że spotykany jest samodzielnie, czego przyczyną jest m.in. działalność ludzka skutkująca fragmentacją kłączy i rozłogów, dzięki czemu mieszaniec może skutecznie się rozprzestrzeniać.
Historia Owoce czyścca błotnego znajdowane są w osadach plejstoceńskich m.in. na Wyspach Brytyjskich, w Polsce (Ciechanki Krzesimowskie) i w wielu miejscach w Europie wschodniej. Jego młodsze stanowiska od mezolitu począwszy mają kontekst archeologiczny – wiadomo, że gatunek od tego czasu towarzyszył już uprawom.