Prawdopodobnie służył też jako roślina jadalna.
Ekologia thumb|Zbiorowisko czyśćca błotnego na brzegu rzeki thumb|Czyściec błotny w szuwarze thumb|Czyściec błotny jako chwast w uprawach polowych Siedlisko Gatunek preferuje siedliska mokre i wilgotne, o odczynie obojętnym, bardzo żyzne. Najlepiej rośnie w miejscach dobrze nasłonecznionych, ale spotykany jest także w półcieniu. Występuje wzdłuż rowów, rzek i na brzegach stawów, w wilgotnych zaroślach i lasach, na pastwiskach i przydrożach. Poza tym rośnie jako chwast w uprawach roślin okopowych, zwłaszcza na glebach ciężkich, zakwaszonych i mokrych. Unika gleb wapiennych.
Fitosocjologia W syntaksonomii zbiorowisk roślinnych w Europie Środkowej uznawany za gatunek charakterystyczny dla All. Filipendulion. Rośnie często w lądowych szuwarach trzcinowych, w ziołoroślach i zbiorowiskach welonowych ze związku All. Convolvulion, w olszynach i łozowiskach oraz w łęgach wierzbowych (Salicion albae), zwłaszcza na obrzeżach fitocenoz. Ze względu na przywiązanie do przejściowych warunków lądowo-wodnych i występowanie na brzegach jednorodnych płatów roślinności bywa niedostatecznie reprezentowany w opisach zbiorowisk roślinnych. Odmiana S. palustris var.