Historia Jezioro leżało w pasie przygranicznym między Wielkopolską a Pomorzem oraz między historycznymi państwami Polską, Brandenburgią i Prusami. Usytuowanie przygraniczne spowodowało, że jezioro Wilczkowo wielokrotnie zostało wymienione w archiwalnych dokumentach opisujących granice międzypaństwowe. Pierwszy raz w historii odnotowane zostało w 1424 jako Walczcow w krzyżackiej relacji o rokowaniach granicznych dotyczącej ustaleń o granicy pomiędzy Koroną Królestwa Polskiego a państwem zakonu krzyżackiego. Strona polska uważała wówczas, że granicę miała stanowić rzeka Drawa, od miasta Falkenburg (obecnie Złocieniec) idąc w górę do końca jeziora Wilczkowo i dalej do jeziora Krosino, granicami dwóch wsi Worowo (obecnie Stare Worowo i Nowe Worowo aż do środka Drawskiego Lasu oraz do granic z księstwem słupskim.
Jezioro odnotowane zostało także w falsyfikacie datowanym na 1441 i oblatowanym w 1630 przy kolejnym opisie granicy Królestwa Polskiego i Marchii Brandenburskiej. Według ugody zawartej przez króla Polski Władysława Jagiełłę i wielkiego mistrza krzyżackiego granica biegła m.in.