1 października 1991 r. z MPGK została wydzielona jednostka budżetowa pod nazwą Miejski Zakład Komunikacyjny w Pile. W 1992 r. po zakupie dwóch używanych pojazdów Renault PR100 (184-185) oraz czterech nowych Autosan H6 (325-328) wprowadzono sprzedaż biletów komunikacji w autobusach. Również w tym samym roku uruchomiono pierwszy punkt sprzedaży biletów komunikacji miejskiej przy Placu Konstytucji 3 Maja. Na przełomie lat 1993/1994 rozpoczęto restrukturyzację MZK w Pile. W 1994 roku, zakupiono używane autobusy marki Berliet PR100. (186-193) W 1996 roku, zakupiono pierwsze dwa niskowejściowe autobusy marki Jelcz M121MB, (334-335) po gruntowych testach przeprowadzonych w 1995. W 1996 roku zakupiono dwa Jelcze 120M (336-337). W 1997 spodziewano się dostarczenia 12 nowych fabrycznie Jelczy 120M, lecz nie doszło do tego z powodów finansowych przewoźnika. Nowe autobusy marki Neoplan N4009 (351-352) pojawiły się w grudniu 1997 roku. Były to pierwsze autobusy niskopodłogowe wprowadzone do ruchu miejskiego. Pieniądze na autobusy pochodziły z kasy miasta. W maju 1998 r. zakupiono kolejne niskopodłgowe autobusy marki Neoplan N4016 (353-360). Sfinansowano je z budżetu gminy Piła. Uruchomiono nową dyspozytornię oraz przebudowano stację diagnostyczną.