W 2000 r. MZK rozpoczął proces przekształcenia zakładu budżetowego w spółkę prawa handlowego i 29 grudnia powstał Miejski Zakład Komunikacji Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością w Pile. W tym samym roku w listopadzie zakupiono 5 Jelczy 120M o numerach taborowych 362-366. Na przełomie roku 2001 i 2002 dokupiono ostatnie Jelcze 120M (367-371) z zaciągniętego kredytu. W roku 2004 do obsługi linii zakupiono 3 nowe autobusy Solaris Urbino 10 (372-374). W ciągu kolejnych trzech lat zakupiono 4 pojazdy Solaris Urbino 12 (377-380) oraz 3 używane Neoplany N4016 (375-376, 381).
Na początku 2009 roku rozpisany został przetarg na dostawę 8 fabrycznie nowych autobusów niskopodłogowych na potrzeby miasta Piły, wygrany przez firmę Solaris Bus & Coach. Zakup został sfinansowany ze środków Wielkopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007–2013. Pojazdy Solaris Urbino 12 pojawiły się w mieście w okresie wakacyjnym i zastąpiły wysłużone Jelcze PR110M (11 sztuk, 314-326). Wiosną 2010 roku w ramach tego samego projektu dokupiono jeszcze 6 nowych autobusów tego typu, pila.pl. W marcu 2010 roku ogłoszono przetarg na dostawę 6 używanych autobusów klasy midiPiła: MZK kupuje aż 6 używanych autobusów, infobus.pl, 2010-03-24.